分子遗传课题组成立于2001年，课题组以十字花科蔬菜作物基因组学与分子遗传学研究为基础，以促进蔬菜作物分子育种为目标，致力于利用基因组学工具解析芸薹属蔬菜叶球、膨大根/茎和抽薹开花等关键性状的形成、演化和驯化过程，以及基因组学在分子育种中的应用研究。课题组于2011年领导完成了白菜基因组草图的构建，随后参加完成了甘蓝、黑芥和芥菜等参考基因组草图的构建；基于基因组重测序及泛基因组研究揭示了白菜和甘蓝叶球驯化及物种丰富变异的机制等，在十字花科作物基因组研究领域居于国际领先地位。课题组搭建和维护着全球最重要的十字花科植物数据库网站BRAD（brassicadb.cn），为国际十字花科植物相关研究提供数据支持。课题组还建立了高通量智能基因分型平台，显著提高了分子育种的自动化水平。课题组先后承担了“973”、“863”、国家自然基金重点项目、十四五重点研发计划等一系列重大项目和课题。迄今在Nature Genetics、 Nature Plant、Nature Communications、 PNAS、 Genome Biology 和Plant Cell等国际知名刊物上发表SCI论文150余篇。

部分在研项目：

1. 十四五重点研发计划项目：番茄、白菜等主要蔬菜高产优质性状形成的分子调控网络， 2022.12-2027.11

2. 十四五重点研发计划课题：经济作物种质资源全景多维组学剖，2021.12-2026.11

3. 国家自然科学基金重点项目：白菜叶球形成的遗传解析与亚种间杂种优势的应用，2017.1-2021.12

4. 国家自然科学基金面上项目：芸薹属蔬菜作物绿体春化的分子遗传机制解析，2021.1-2024.12

5. 国家自然科学基金面上项目：BrBRX.2基因在大白菜叶球形成中的功能及作用机理，2021.1-2024.12

6. 国家自然科学基金青年基金项目：转座子插入变异对大白菜叶球性状形成的作用规律， 2024.1- 2026.12

7. 国家特色蔬菜产业技术体系：2017.1-2025.12

代表性论文：

1. Subgenome parallel selection is associated with morphotype diversification and convergent crop domestication in Brassica rapa and Brassica oleracea. Nature Genetics, 2016. 48:1218-24.

2. The genome of the mesopolyploid crop species Brassica rapa. Nature Genetics, 2011. 43(10): 1035-9.

3. The genome sequence of allopolyploid Brassica juncea and analysis of differential homoeolog gene expression influencing selection. Nature Genetics, 2016. 48:1225-32.

4. Gene retention, fractionation and subgenome differences in polyploid plants. Nature Plants, 2018. 4(5):258-268.

5. Origin, inheritance, and gene regulatory consequences of genome dominance in polyploids. Proceedings of the National Academy of Sciences, 2014. 8;111(14):5283-8.

6. Deciphering the diploid ancestral genome of the Mesohexaploid Brassica rapa. Plant Cell, 2013. 25(5) :1541-1554.

7. Impacts of allopolyploidization and structural variation on intraspecific diversification in Brassica rapa. Genome Biology, 2021. 22, 166.

8. BRAD V3.0: an upgraded Brassicaceae database. Nucleic Acids Research, 2022. 7;50(D1): D1432-D1441.

主要获奖：

1. 甘蓝雄性不育系育种技术体系的建立与新品种选育，国家科学技术进步奖二等奖，2014

2. 白菜基因组测序和功能研究，中国园艺学会，华耐园艺科技奖，2014

3. 十字花科蔬菜基因组信息解析与重要性状遗传基础，浙江省自然科学一等奖，2019

4. 十字花科蔬菜基因组演化与重要园艺性状驯化，中国农业科学院，青年科技创新奖，2020

5. 白菜类作物开花时间的分子遗传分析, 河北省自然科学奖二等奖，2015