【工人日报】客户端-黄瓜近完整参考基因组及多组学综合数据库发布

       记者从中国农科院蔬菜花卉研究所获悉，近日，该所张圣平团队在国际著名期刊《分子植物（Molecular Plant）》在线发表论文，公布了黄瓜第一个近完整参考基因组和参考转录本数据集，并整合泛基因组、群体变异组、转录组以及核心种质材料信息，建立了第一个黄瓜多组学综合数据库，为黄瓜功能基因组学和分子育种研究提供全面的共享平台。

       黄瓜是葫芦科的重要经济蔬菜作物，也是研究植物性别决定、维管束形成的重要模式系统。黄瓜基因组中有近30 %的区域是由45s rDNA和微卫星等复杂重复序列组成的，这个比例远高于水稻、玉米和西瓜等作物（< 5%），并且受当时测序技术及组装方法的限制，目前广泛使用的华北密刺型黄瓜自交系参考基因组仍然有大量未知序列和72个缺口。同时，这些重复序列也严重影响基因注释的准确度，黄瓜参考基因组质量亟待提高。

       为此，该研究首次利用测序数据，结合遗传图谱和Hi-C测序数据进行组装调整和验证，除一个位于2号染色体的缺口外，其他6条染色体均为一条连续序列，由此获得了黄瓜参考基因组近完成图。

       该研究对黄瓜全发育期（29个组织时期）和7个主要胁迫处理进行转录组测序，注释出27360个高质量基因，其中包括5070个新基因。更为重要的是，该研究构建了第一个黄瓜参考转录本数据集，获得17万个高质量的转录本，其中87.92%的转录本来源于全长转录组，为开展转录本准确定量和可变剪切功能研究提供重要参考。

       基于以上研究，该研究搭建了第一个黄瓜多组学数据库，囊括重要的黄瓜泛基因组、核心种质变异组和转录组数据，开发出数十个实用分析工具，为科研人员提供一站式服务。通过这个数据库，可以同时获得12个不同黄瓜种质基因组序列和基因模型信息、核心种质资源变异数据、驯化选择区间、基因及转录本表达谱可视化、可变剪切信息、共表达调控网络及下游靶基因预测等相关数据和工具。

责任编辑：宋新雨

原文链接：https://www.workercn.cn/c/2024-06-23/8289122.shtml